Konfrontasi Indonesia-Malaysia lebih bersifat politik dan dipacu oleh prasangka daripada pihak Indonesia yang menganggap Persekutuan Malaysia dibentuk sebagai alat-imperialisme Britain (atau Barat) untuk menangkal politik Indonesia masa itu yang berhaluan kiri. Semenjak kejatuhan rejim Sukarno, presiden pengganti Indonesia, Suharto, segera menghapus politik ini dan menjalin hubungan baik dengan Malaysia dan Singapura.